1942. godine, u jeku rata, Morihei Ueshiba povlači se iz društvenog života na selo, u Iwamu, i tamo otvara Aiki Shuren Dojo te gradi Aiki svetište. Dojo u Tokiju ostavlja u rukama Kisshomaru Ueshibe. Zgrožen besmislenošću rata transformira dotadašnje Aiki Budo tehnike u novu vještinu koju naziva Aikido.
Dok je u Tokiju Aikikai ispunjavao svoju zadaću širenja aikida, Morihei Ueshiba posvetio se duhovnom razvoju i usavršavanju aikido tehnika. Kako je treninge u Aikikai Hombu Dojo-u u Tokiju vodio vikendom koncentrirajući se uglavnom na duhovnu poduku, polako je rastao raskorak između tehnika koje su se radile u Iwami i onih u Tokiju.
Nakon O-Senseijeve smrti 1969. čuvar Aikido svetišta (Aiki jinja) i Iwama Dojo Cho (glavni instruktor) postaje Morihiro Saito Sensei.
Saito Sensei posvetio je cijeli svoj život očuvanju i sistematizaciji aikido tehnika koje je primio od O-Senseija zbog čega Iwama ryu aikido često nazivaju i tradicionalnim aikidom, za razliku od Aikikai aikida, gdje su mnogi instruktori unijeli svoje ideje u način izvođenja tehnika.
Još su jedna važna razlika tehnike oružjem (boken i jo) koje su sastavni dio tradicionalnog aikida, dok se u Tokiju uglavnom uopće nisu radile.